基因測(cè)序，讓你認(rèn)識(shí)不一樣的新冠病毒讓你認(rèn)識(shí)不一樣的疾控人

經(jīng)過(guò)疫情防控的歷練，核酸檢測(cè)大家應(yīng)該耳熟能詳。但基因測(cè)序可能鮮為人知。

究竟什么是基因測(cè)序？基因測(cè)序在新冠疫情防控工作中能起到什么樣的作用？它的重要性又體現(xiàn)在哪里呢？為了更深入地了解基因測(cè)序工作，讓我們走近基因測(cè)序組的隊(duì)員，將病毒“解剖”得更細(xì)。讓你認(rèn)識(shí)不一樣的新冠病毒、讓你認(rèn)識(shí)不一樣的疾控人。

“我們中心疫情防控檢測(cè)組承擔(dān)著全省新冠病毒基因測(cè)序工作。省內(nèi)各市、州核酸檢測(cè)機(jī)構(gòu)確認(rèn)陽(yáng)性且病毒載量較高的樣本，省疾控中心都將進(jìn)行新冠病毒基因測(cè)序工作。通過(guò)檢測(cè)新冠病毒的全基因組序列，再將這個(gè)序列通過(guò)算法與數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)進(jìn)行比對(duì)，可以初步判斷該份樣本地域來(lái)源。將序列與既往病例序列進(jìn)行比對(duì)，如果序列在同一進(jìn)化樹(shù)分支上，則可以判斷這些病例來(lái)自同一傳播鏈或傳染源”。疫情防控檢測(cè)組組長(zhǎng)、微生物實(shí)驗(yàn)室主任蘭光給我們介紹以上情況的時(shí)候也是剛從實(shí)驗(yàn)室出來(lái)不久，忙了一下午，還沒(méi)顧得上吃飯，打回來(lái)的飯菜已經(jīng)涼透了……

“我們整個(gè)溯源流程包括了樣本的準(zhǔn)備、文庫(kù)的構(gòu)建、測(cè)序和生物信息學(xué)分析等步驟，每個(gè)步驟之間都要求工作人員做到無(wú)縫銜接”。

“目前實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)出來(lái)的所有陽(yáng)性標(biāo)本都會(huì)進(jìn)行全基因組測(cè)序，測(cè)序工作結(jié)束以后，對(duì)序列進(jìn)行分析，然后將它的序列跟最早武漢一些早期病例的序列做一個(gè)對(duì)比，分析它的突變類(lèi)別，基本上可以分析出來(lái)是哪個(gè)型，比如我們最后確定“德?tīng)査毙途褪峭ㄟ^(guò)測(cè)序分析出來(lái)的。病毒基因序列測(cè)定完成后，還要馬上進(jìn)行生物信息學(xué)分析，將病毒序列與數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列進(jìn)行比對(duì)，查看有無(wú)變異位點(diǎn)，進(jìn)行同源性比較。同時(shí)也跟其他省的一些病例進(jìn)行對(duì)比分析傳染的來(lái)源、途徑，對(duì)后期的防控可以起到一定的指導(dǎo)意義。在完成數(shù)據(jù)比對(duì)后，還要及時(shí)撰寫(xiě)溯源報(bào)告?，F(xiàn)在二代測(cè)序的結(jié)果最快15小時(shí)左右就出數(shù)據(jù)了。得到的數(shù)據(jù)我們要繼續(xù)做序列的分析，同時(shí)把原始數(shù)據(jù)傳給國(guó)家疾控中心，國(guó)家疾控中心用這個(gè)序列跟近期各省的病例做了一個(gè)對(duì)比，把分析的結(jié)果再反饋給我們?！?/p>

李保娣，病原生物實(shí)驗(yàn)室副主任技師，先后獲得“流行季H7N9防控工作先進(jìn)個(gè)人”“甘肅青年五四獎(jiǎng)?wù)隆薄案拭C省衛(wèi)生健康行業(yè)優(yōu)秀青年人才”等榮譽(yù)稱(chēng)號(hào)。在此次新冠肺炎疫情防控中，沖鋒在現(xiàn)場(chǎng)采樣、實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)、現(xiàn)場(chǎng)技術(shù)指導(dǎo)工作的第一線(xiàn)，和戰(zhàn)友們一起通宵達(dá)旦，全力以赴地開(kāi)展新型冠狀病毒的核酸檢測(cè)工作，發(fā)揮省級(jí)疾控中心一錘定音的作用。本次新冠肺炎疫情發(fā)生以來(lái)，李保娣她們第一時(shí)間趕赴嘉峪關(guān)支援開(kāi)展全員核酸檢測(cè)工作，在完成25000余份標(biāo)本核酸檢測(cè)任務(wù)后，又接到了基因測(cè)序任務(wù)，緊急返回蘭州，開(kāi)始了全省的新冠病毒陽(yáng)性病例標(biāo)本的全基因組測(cè)序工作。除了全省新冠病例陽(yáng)性標(biāo)本的收集整理、二代測(cè)序，更重要的是負(fù)責(zé)所有全基因組序列的拼接、比對(duì)、分析、溯源和所有序列數(shù)據(jù)的報(bào)送等。截止11月7日15:30，甘肅省疾控中心基因測(cè)序團(tuán)隊(duì)累計(jì)完成19批共計(jì)115份鼻咽拭子標(biāo)本的基因測(cè)序及拼接分析，獲得108條全基因組序列。

劉小菊，基因測(cè)序組的“排頭兵”。別看工齡不長(zhǎng)，干起工作來(lái)卻毫不馬虎。在接到任務(wù)的第一時(shí)間就進(jìn)入“戰(zhàn)斗”崗位，做好接受核酸樣本的所有準(zhǔn)備工作。當(dāng)天的凌晨12點(diǎn)，本次疫情的第一份核酸樣本到了，她就和其他的“戰(zhàn)友”們一頭扎進(jìn)了實(shí)驗(yàn)室，開(kāi)始測(cè)序建庫(kù)實(shí)驗(yàn)。不巧的是，就在實(shí)驗(yàn)接近尾聲時(shí)機(jī)器卻出現(xiàn)了故障……，真讓人欲哭無(wú)淚，心急如焚。埋怨、懊惱、甚至憋屈都放在一邊，排查故障才是第一要?jiǎng)?wù)，否則后續(xù)樣本測(cè)序的進(jìn)度將受到影響。于是，全組隊(duì)員行動(dòng)起來(lái)，聯(lián)系工程師，查閱故障手冊(cè)，幾經(jīng)努力，問(wèn)題最終得以解決，所有隊(duì)員臉上露出了欣慰的笑容。而此時(shí)，時(shí)針已經(jīng)指向了第二天的9時(shí)，又是一個(gè)通宵。當(dāng)談到這段小插曲時(shí)，她的興致很高，完全忘記了當(dāng)時(shí)從身體到精神都接近崩潰的狀態(tài)。

陪伴基因測(cè)序隊(duì)員的除了冰冷的機(jī)器、枯燥的工作流程還有大量的測(cè)序數(shù)據(jù)。堅(jiān)強(qiáng)的意志、超強(qiáng)的耐力，崇高的職業(yè)使命感是他們堅(jiān)守的精神支柱。她們的“抗疫戰(zhàn)場(chǎng)”在負(fù)壓新冠病毒核酸檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室，一份份核酸檢測(cè)標(biāo)本，一個(gè)個(gè)準(zhǔn)確無(wú)誤的檢測(cè)結(jié)果是他們“戰(zhàn)疫”的成果。如果說(shuō)，基因測(cè)序這樣高、精、尖的技術(shù)對(duì)大家來(lái)說(shuō)只是聽(tīng)聽(tīng)，你平時(shí)只是偶有聽(tīng)說(shuō)，但是這次的疫情防控中配合流調(diào)組的疫情追蹤溯源卻發(fā)揮了他與眾不同的作用。有這樣一個(gè)真實(shí)的案例：一個(gè)確診病例，我們的流調(diào)隊(duì)員在流調(diào)溯源的過(guò)程中，發(fā)現(xiàn)他的活動(dòng)軌跡比較復(fù)雜，接觸人員也很多，通過(guò)首次排摸，他與近5日內(nèi)的確診病例并不存在時(shí)空交集，經(jīng)過(guò)一再的詢(xún)問(wèn)，終究沒(méi)有得到有用的線(xiàn)索。正當(dāng)大家一籌莫展的時(shí)候，基因測(cè)序的結(jié)果出來(lái)了，發(fā)現(xiàn)這個(gè)病例與我省之前報(bào)告的某一個(gè)確診病例的基因型是高度同源的。通過(guò)流調(diào)隊(duì)員第二輪的排摸和大數(shù)據(jù)分析，發(fā)現(xiàn)該病例與這個(gè)確診病例在某地有時(shí)空交集，并從患者那里得到了證實(shí)。至此，細(xì)節(jié)得以重現(xiàn)，傳播鏈條也得以清晰展現(xiàn)，迅速排查這個(gè)點(diǎn)潛在的風(fēng)險(xiǎn)，精準(zhǔn)鎖定密接人員讓流調(diào)組欣喜異常?；驕y(cè)序?yàn)楸静±牧餍胁W(xué)調(diào)查提供了有力的技術(shù)支撐，功不可沒(méi)、居功至偉。

若能護(hù)你歲月靜好，疾控人甘愿負(fù)重前行。這真不是一句口號(hào)，而正是全體疾控人正在日夜奮斗的原因。